В 1987 году Япония прекратила коммерческий промысел в водах Антарктики, но в тот же год начала вызывающую много споров программу научного промысла ( JARPA - Japanese Research Program in Antarctica). Эта программа продолжалась до 2005 года, когда ее сменила новая программа JARPA II. Добыча антарктических малых полосатиков при этом удвоилась (с 440 до 880 в год плюс-минус 10%). Японское правительство оправдывает промысел ценностью полученных научных данных, однако это ставится под сомнение и критикуется многими учеными Научного Комитета МКК. Японский «научный промысел» вызывает много споров, а анти-китобойные группы утверждают, что для научных целей добыча китов не необходима, и истинная цель этого промысла – получение мяса для японских ресторанов и супермаркетов. Страны-противники китобойного промысла убеждают Японию остановить эту программу. Японское правительство возражает, что научный промысел специально оговаривается в правилах МКК и что согласно этим правилам все китовое мясо должно быть полностью утилизировано по выполнении исследования.